Наконец-то(начиная с 1.0.0-beta.32) разработчики angular-cli дали доступ к более тонким настройкам webpack и теперь не нужно выбирать между двумя инструментами. Выполнив команду:

[shell]
ng eject
[/shell]

у вас появится файл вебпак конфига в корне проекта, и теперь вместо команды ng вы запускаете старую добрую npm:

[shell]
ng serve -> npm start
ng build -> npm run build
…
[/shell]

P.S.: Уже наткнулся на проблему с поломанной подстановкой environment файла (issue).