Команда для того чтобы удалить все смерженые(–merged) ветки за исключением текущей(-v ‘*’):

git branch --merged | grep -v '*' | xargs git branch -D

еще для себя я сделал такую алиас-команду для полной зачистки репозитория от изменений и старых веток:

alias git-clean="git branch  | grep -v '*' | grep -v 'develop' | xargs git branch -D  && git reset --hard && git clean -d -x -f"

критика приветствуется.